Хронический септический эндокардит может развиться у человека, ранее страдавшего ревматическими поражениями клапанов. Болезнь течет с периодами затихания и обострения. В остром периоде на клапанах сердца образуются язвы с отложением на их краях тромботических масс, в которых обнаруживается огромное количество микробов (септический язвенный тромбоэндокардит). Далее острые явления затихают, тромботические массы подвергаются организации соединительной тканью, частично превращающейся в рубцовую. На месте клапана образуются разрастания грануляций, напоминающих цветную капусту. В рубцовой ткани может произойти отложение извести. В периоды обострения язвенный процесс развивается как в неповрежденных участках клапанов, так и в области разрастаний грануляций. Функция клапана резко нарушается, он перестает замыкаться и в то же время аортальное (реже митральное) отверстие оказывается суженным. В периоды затихания воспалительных изменений развивается компенсаторная гипертрофия сердечной мышцы. В периоды обострения в мышце сердца образуются очаги острого негнойного миокардита с разрушением мышечных волокон и замещением грануляционной и рубцовой тканью (очаговый негнойный миокардит) . В связи с недостаточным кровоснабжением гипертрофированного сердца в нем образуются мелкие очаги некроза мышечных волокон с замещением их грануляционной и рубцовой тканью.
